Bundesumweltminister Trittin zeigte sich von der hohen Biotop- und Artenvielfalt des Gebietes beeindruckt: "Ziel dieses einzigartigen Naturschutzprojektes ist es, eine weitgehend intakte, naturnahe Überflutungsaue dauerhaft zu erhalten und die Funktion natürlicher Auenökosysteme dort, wo es erforderlich ist wiederherzustellen. Überlegungen und Planungen zum weiteren Ausbau der Donau müssen die Ziele dieses Vorhabens berücksichtigen und dürfen sie auf keinen Fall beeinträchtigen oder in Frage stellen." Trittin ließ sich vor Ort von Vertretern der Naturschutzverbände, Bürgerinitiativen und Politikern der Region über die bisherigen Pläne zum Ausbau der Donau und die damit verbundenen Auswirkungen für das Isarmündungsgebiet informieren. Zur Zeit wird von den Landesbehörden ein mit dem Naturschutz abgestimmtes Konzept zur Sanierung der Isar erarbeitet. Darin sind insbesondere Maßnahmen vorgesehen, die die ökologische Situation der Flussaue erheblich verbessern sollen.
Die Bundesregierung stellt seit 1989 für einen Zeitraum von 12 Jahren insgesamt 14,3 Millionen DM für das Naturschutzprojekt im Isar-Mündungsgebiet zur Verfügung. Der Freistaat Bayern sowie der Landkreis Deggendorf als Träger des Projektes beteiligen sich jeweils mit rund 2,3 Millionen DM. Im Rahmen des Projektes konnten bisher Flächen im Umfang von 320 ha erworben werden. Darüber hinaus befinden sich weitere 800 ha im Eigentum der öffentlichen Hand. Auf diesen Flächen werden Maßnahmen zur Entbuschung von Streuwiesen und Magerrasen durchgeführt, Äcker in extensiv genutztes Grünland umgewandelt und nicht standortheimische Kulturpappel- und Fichtenbestände beseitigt. Die Bereitstellung der Bundesmittel war bereits 1989 mit der Maßgabe verbunden, dass weder die Isar-Sanierung noch die Pläne zum weiteren Ausbau der Donau die Ziele dieses Naturschutzgroßvorhabens in Frage stellen dürfen.